1.评价标准模糊
有些公司没有供应商绩效评价体系，或者说，虽然有评价体系，但没有成本、质量、技术等核心的指标，评价结果没有突出重点、不具备科学性。有很大一部分指标没有详细的评价标准，导致工作人员仍然进行主观判断，以产品价格等指标对供应商进行评价。
评价的过于细致，就容易引起细节问题，而忽视主要问题。重枝叶轻主干，评价过粗则达不到评价的效果。由于每个人对指标的理解、重视程度不同，得到的评价结果也不同，不具备客观性；对所有的供应商实行统一的评价标准，但是不同部门的工作人员侧重的评价指标不同，例如对技术服务商更看重他们的技术，对物资供应商更看重产品质量等。所以统一的评价标准产生的评价结果不能满足所有用户，也不能反映供应商的真实情况。
2.缺乏供应商综合评价
要实现综合评价，就会面临很多困难，关键是设置合理的指标、权重系数，选择适合企业的综合评价方法。因为综合评价方法一般采用加权平均分，指标的权重直接影响评价的结果，改变供应商的优劣等级。所以，合理、正确的确定权重系数是很重要的。
供应商数量多，而且各有不同，大型企业可能需要把产品分成几十个种类，探后对同种类的供应商进行评价定级，工作量很大。在综合评价的过程中，要做好协调工作，做出客观、准确的评价。
综合评价的过程比较长，从供应商履约开始到履约结束，要让工作人员负责进行跟踪、评价，以及根据实际情况对评价结果做出合理的调整。可见工作量大，这就让综合评价难以落到实处，往往流于形式。
3.评价结果未能有效利用
在管理中没有形成对供应商的激励和处置机制，供应商的工作表现无论好坏，每年依旧拿相同数量的订单，让绩效好的供应商积极性降低，绩效差的供应商没有得到应有的警示和惩罚。
例如，当汽车零部件供应商做的比绩效指标好时，主机厂没有提供相应的奖励，没有真正的通过绩效考核的激励手段去刺激供应商做出更好的改变和提升。
如果缺乏制度的保障，管理层对评价结果重视不足，那么绩效评价也只是个形式而已，工作人员对评价结果可能只是存档，并没有反馈给供应商，那么好的供应商不知道自己做的是否满足要求，绩效差的供应商也不会做出改善。
对于严重不良行为的供应商，决定是否可以取消合格供应商的资格，还得要领导来决定，没有明确的制度，所以评价结果很难得到适当的执行。
还有一个问题，就是在传统的管理方式中，供应商绩效评价的额及过和相关的文档资料只会保存在一家公司中，并不是在集团不同公司之间共享的。这就会导致其他公司在选择供应商的时候，并不知道供应商的绩效水平，很可能就会选择了绩效差的供应商。